Z raportu jaki przygotowała fundacja Europejski Fundusz Rozwoju Wsi Polskiej na temat wdrażania Natury 2000 w Polsce wynika, że obszary jakie obejmuje Natura 2000 zostały wytyczone bez odpowiedniej konsultacji z władzami gminnymi oraz lokalną społecznością, a często wbrew ich woli. Według raportu na etapie samego projektowania sieci uwagi zgłosiło 51% gmin. Spośród 118 włodarzy gmin, które kwestionowały swoje zastrzeżenia, jedynie cztery stwierdziły, że w pełni zostały one uwzględnione, a kolejnych 25 (21%) – że wzięto je pod uwagę tylko częściowo. Jednak w przypadku 57% jednostek terytorialnych opinie samorządowe nie przyniosły oczekiwanych rezultatów, a aż 46% pozostawiono bez żadnej odpowiedzi i uzasadnienia. W efekcie prawie 40 % wójtów i burmistrzów, które obejmuje projekt Natura 2000 jest zdania, że ma to wpływ niekorzystny na rozwój gminy. Tylko co piąty był przeciwnego zdania, a zaledwie 2% stwierdziło, że jest on zdecydowanie korzystny. Badania pokazały też negatywny stosunek wójtów i burmistrzów do wdrażanych obecnie planów zadań ochronnych (PZO). Ponad połowa badanych (51%) postrzega je jako ograniczenie inwestycji, 37% – jako kolejny uciążliwy obowiązek do wykonania, 26% – jako źródło konfliktów, 13% – jako obciążenie gminnego budżetu. Za niewielkie utrudnienie lokalnego rozwoju plany te uznało zaledwie 17% włodarzy gmin. Najważniejszą barierą, którą tworzy Natura 2000 jest, zdaniem samorządowców, wydłużający się czas realizacji inwestycji i dodatkowe koszty jakie wiążą się z oceną działania na środowisko. Na dalszym miejscu szefowie gmin wskazali problemy z uzyskaniem pozwolenia na budowę oraz brak wytycznych precyzujących dopuszczalny rodzaj i skalę działalności gospodarczej. Celem Natury 2000 jest stworzenie kompleksowego systemu ochrony zasobów bioróżnorodności poprzez skoordynowaną w skali całej Unii sieć. W Polsce zasięg Natury 2000 wynosi około 6,2 mln ha, co stanowi 19,7% powierzchni lądowej Polski.